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Los tratados de San Ildefonso y de El Prado, de 1778, establecían la cesión a España de la isla portuguesa de Fernando Poo y otras cercanas, así como los derechos a la trata de esclavos en las costas continentales, pero el dominio efectivo no se produjo hasta el 1858, cuando se estableció el primer gobernador. Hasta 1926 el régimen colonial era una especie de protectorado donde los líderes locales gestionaban los asuntos de los nativos.

En la década de 1940 la política económica del franquismo, que primaba el consumo de bienes producidos en el propio país, incentivó la explotación de los recursos de la colonia, como el café o el cacao, y por tanto la llegada de colonos para administrar estos negocios. Estos nuevos habitantes, muchos de origen catalán, no sólo trabajaban, y desarrollaron toda una sociedad colonial de ocio, entretenimiento y también de descubrimiento de aquel territorio.

Uno de estos colonos era Jordi Sabater Pi, que había llegado en 1940 para ejercer como capataz y administrador de diferentes plantaciones agrícolas. De manera autodidacta empezó a interesarse por los pueblos y la fauna locales, sobre los que llegaría a ser un gran experto. En 1948 se convertía el anfitrión de la primera expedición etnográfica del futuro Museo Etnológico, encabezada por Augusto Panyella. También durante la misma época entró en contacto con Antonio Jonch, entonces director del Museo de Granollers.

En 1957, el Museo Etnológico, ya establecido en Montjuïc, realizaba una nueva expedición en Guinea, pero esta vez el objetivo no era sólo la recolección de objetos y el trabajo de campo.  Antoni Jonch se  había convertido en director del Zoo de Barcelona ​​y,  junto con Panyella,  tuvieron la iniciativa de fundar una instalación permanente dedicada al estudio científico de aquellos territorios africanos.

Durante la década siguiente, hasta la independencia de Guinea Ecuatorial, este centro, instalado a pocos kilómetros de Bata, la capital del territorio continental, y dirigido por el mismo Sabater Pi, proveyó las colecciones zoológicas, botánicas, etnológicas y arqueológicas de diferentes instituciones vinculadas al Ayuntamiento de Barcelona. A su entrada, bajo el escudo de la ciudad, se leía "Ayuntamiento de Barcelona. Centro de Ikunde".